Η διαδικασία διενέργειάς του είναι σχετικά απλή και ανώδυνη. Μετά την τοποθέτηση των ηλεκτροδίων στην επιφάνεια του κρανίου με ειδικό τζελ, ζητείται από τον εξεταζόμενο να παραμένει ήρεμος χωρίς να κουνιέται με κλειστά μάτια. Κατά τη διάρκεια της εξέτασης δίνονται κάποιες εντολές  όπως να ανοιγοκλείνει ο εξεταζόμενος τα μάτια του, να παίρνει βαθιές εισπνοές για λίγα λεπτά (δοκιμασία υπέρπνοιας) ή να κοιτάει ένα φως που αναβοσβήνει (δοκιμασία αντίδρασης του εγκεφάλου σε διαλείποντα φωτεινά ερεθίσματα).

Τα σύγχρονα συστήματα Ηλεκτροεγκεφαλογραφίας, όπως το NicoletOne vEEG του Οίκου Natus / Nicolet Αμερικής διευκολύνουν την εξαγωγή ασφαλών συμπερασμάτων κατά τη διάγνωση νευρολογικών παθήσεων.